Основные виды генетической модификации таковы:
1. Добавление нового гена. При этом у нас получается тот же организм, но дополнительно имеющий новый ген, который кодирует определённый белок (редко - два белка). Исходное растение мы считаем безопасным априори (точнее, риски его уже известны и считаются приемлемыми). Оценить токсичность, аллергенность, тератогенность, канцерогенность и т.д. добавляемого белка - совершенно не проблема. Методики за сотню с лишним лет отработаны почти до совершенства. Если уж методика подходит для оценки заведомо опасного и токсичного лекарственного средства - для пищевых продуктов она вполне подойдёт.
Есть ещё ошмётки системы, с помощью которой ген встроили в ДНК организма. Точнее, могут быть, а могут и не быть, в зависимости от применявшегося метода. Сейчас чаще всего применяют агробактерии. Как следует из названия, они атакуют только растения и не опасны для человека. Кроме того, "вредную" часть их ДНК как раз-таки удаляют, заменяя на ген нужного белка. В модифицированном же растении нет агробактерии как таковой; всё, что от неё остаётся - небольшая последовательность в ДНК (бывает, что "зачищают" даже и её), которая в растении не может реализоваться (да и реализовываться там нечему - это именно ошмётки).
2. Усиление синтеза естественного белка организма. Ген, который отвечает за синтез этого белка, копируется в ДНК несколько раз. Есть некоторая доля вероятности, что с увеличением концентрации этот белок может представлять некую опасность - но простейшая проверка на дозозависимость расставит всё по своим местам.
3. Подавление синтеза естественного белка организма. Был белок, а мы его выключаем. Опасность данного метода и вовсе равна нулю.
Ну и наконец, далеко не все растения используются в пищу. Есть ли вам дело до токсичности хлопка или рапса, из которого делается дизтопливо?